D-DiGit – цифровой сканер ДНК-гелей, LI-COR

Коротко о модели:

Сканер гелей D-DiGit предназначен для визуализации и документирования гелей с образцами ДНК и РНК. Сканер позволяет: 

просматривать гели;

фотографировать гели с высоким качеством изображения;

вырезать из геля фрагменты с образцами.

Сканер ДНК-гелей D-DiGit разработан для детектирования в геле фрагментов ДНК (а также РНК), окрашенных «безопасными» флуоресцентными красителями (без применения бромистого этидия), и для получения качественных фотографий гелей. 

Высокочувствительная оптическая система детекции сканера D-DiGit основана на использовании света исключительно в видимой области спектра. В связи с этим во время сканирования гелей отсутствует УФ-облучение, которое опасно для здоровья человека и может повреждать образцы ДНК и РНК в геле. 

Конструкция сканера гелей D-DiGit позволяет просматривать и фотографировать гели разнообразных форматов (включая большие по размеру). 

Во время работы сканера гелей D-DiGit оператор имеет свободный доступ к гелю для вырезания из него фрагментов (полос) с образцами. При этом для защиты оператора от интенсивного излучения светодиодных ламп используется специальный защитный экран. 

Сканер ДНК-гелей D-DiGit позволяет анализировать гели, окрашенные разнообразными флуоресцентными красителями, такими как SYBR Green и другие. 

Особенности и преимущества:

Удобная и простая в использовании система, которая объединяет функции:

просмотр геля;

фотографирование геля;

вырезание фрагментов с образцами из геля.

1. Может детектировать любой краситель, для которых возбуждающие длины волн попадают в «окно» 460 – 500 нм, а спектр испускания содержит длины волн выше 520 нм. 
2. Чувствительность детекции такая же или лучше, чем в случае использования бромистого этидия и УФ-трансиллюминатора. 
3. Большая площадь сканирующей поверхности позволяет сканировать гели разнообразных форматов (включая гели больших размеров). 
4. Вырезание из геля полосы с образцом может производиться непосредственно на сканирующей поверхности аппарата. 
5. Полученные файлы фотографий геля совместимы с приложениями «Image Studio» и «Image Studio Lite» для их дальнейшей обработки и анализа. 
6. Не используется УФ-источник света, что повышает уровень безопасности работы оператора, а также гарантирует максимальную сохранность образцов после их извлечения из геля. 
7. Исключаются издержки, связанные с организацией безопасности во время работы с этидием бромида и с утилизацией загрязненных им отходов.

Совместимые красители:

«Безопасные» флуоресцентные красители для нуклеиновых кислот (такие как SYBR Green и другие) являются достойной альтернативой бромистому этидию. Такие красители обладают высокой чувствительностью к ДНК и РНК и при этом относительно безопасны для человека и окружающей среды. 

Для визуализации образцов ДНК и РНК в геле с помощью сканера D-DiGit могут использоваться любые флуоресцентные красители, у которых длины волн возбуждения попадают в «окно» 460 – 500 нм, а в испускаемом спектре содержатся длины волн выше 520 нм. 

Примеры красителей, совместимых со сканером ДНК-гелей D-DiGit:

SYBR® Safe DNA Gel Stain

SYBR® Gold Nucleic Acid Gel Stain

SYBR® Green I Nucleic Acid Gel Stain

Diamond™ Nucleic Acid Dye

GelGreen™ Nucleic Acid Gel Stain

GelRed™ Nucleic Acid Gel Stain

Midori Green Direct

Midori Green Advanced DNA Stain

GreenView™ Nucleic Acid Gel Stain

GreenView™ Plus Nucleic Acid Gel Stain

GreenView™ Ultra DNA Gel Stain

При использовании подобных красителей возможны следующие способы окрашивания образцов: 

добавление красителя в гель во время его приготовления;

инкубирование геля с раствором красителя после электрофореза.

Чувствительность детектирования при визуализации ДНК и РНК с помощью «безопасных» красителей сравнима с таковой в случае окраски бромистым этидием с последующим детектированием на УФ-трансиллюминаторе. 

Параметры детектирующей системы:

Сканер ДНК-гелей D-DiGit содержит высокоинтенсивный светодиодный источник видимого света (синий свет, 475 нм) и детекторы высокого разрешения типа «CCD» (детекция испускаемого света с длиной волны ≥ 520 нм). Данные технические решения позволяют сканеру гелей D-DiGit детектировать такие небольшие количества ДНК и РНК, как 40 пикограмм в одной полосе. 

Довольно широкий диапазон возможного времени экспозиции геля (от 10 с до 16 мин) позволяет получить для каждого геля ряд фотографий с исчерпывающей информацией о наличии и качестве окрашенных полос как высокой, так и следовой интенсивности. 

Просмотр геля и вырезание из него фрагментов

Просмотр геля и особенности работы излучателя

Для просмотра окрашенных полос ДНК и РНК на геле необходимо включить светодиодный источник света. Включение излучателя производится цифровым способом из специального приложения, установленного на персональный компьютер. 

Излучатель может непрерывно работать в течение максимум 3-х минут. Затем происходит его автоматическое отключение для того, чтобы остудить светодиодную матрицу. Для остывания ламп необходим интервал времени в 2 минуты. Затем можно снова включить источник света на время до 3-х минут. Этого времени обычно достаточно как для просмотра геля, так и для вырезания из него полос с образцами. 

Также можно просматривать гель в виде его фотографии после сканирования. В этом случае время просмотра неограниченно, а лампы и детектор подвергаются меньшему износу, что увеличивает срок службы сканера гелей D-DiGit. 

Защитный экран

Излучаемый сканером D-DiGit свет не содержит УФ-составляющей спектра, однако является очень ярким и поэтому может нанести вред глазам. В связи с этим во время работы светодиодного излучателя настоятельно рекомендуется использовать специальный защитный экран. Этот экран представляет собой съёмную прозрачную пластину жёлтого цвета, которая поглощает синий свет излучателя и при этом обеспечивает достаточный уровень видимости для просмотра подсвеченного геля. Данная пластина защищает глаза оператора, при этом обеспечивает свободный доступ к гелю рук оператора для манипуляций с гелей (вырезания фрагментов или изменения расположения геля на сканирующей поверхности). 

Вырезание фрагментов из геля

Сканер ДНК-гелей D-DiGit имеет конструкцию, которая обеспечивает лёгкий доступ оператора к гелю непосредственно во время работы сканера (во время облучения геля светом). Таким образом, пользователь все время видит окрашенные полосы образцов на геле и может с большой точностью вырезать из геля необходимый ему фрагмент. 

Вырезание происходит непосредственно на сканирующей поверхности. При этом производитель настоятельно рекомендует использовать специальные инструменты, которые не царапают стекло; острые лезвия могут повредить сканирующую поверхность. 

Программное обеспечение

Приложение «D-DiGit Image Acquisition Software» 

- необходимо для управления сканером (включения/выключения и фотографирования) 

Сканер ДНК-гелей D-DiGit работает только при наличии специального программного обеспечения (ПО) «D-DiGit Image Acquisition Software», которое устанавливается на персональный компьютер (ПК). Пакет с данным ПО не входит в комплект поставки прибора – однако при условии покупки сканера D-DiGit данное приложение доступно для бесплатной загрузки со специальной страницы сайта LI-COR. 

В качестве альтернативы данное приложение можно приобрести на CD-диске (в отличие от загрузки с сайта, за данный продукт взимается плата). 

Версии ОС Microsoft Windows, совместимые с ПО «D-DiGit Image Acquisition Software»: Windows 7, 8, 8.1 и 10. 

Установка ПО «D-DiGit Image Acquisition Software» производится «в 1 клик» и занимает всего пару минут. Для работы сканера D-DiGit необходимо: 

установить на компьютер ПО «D-DiGit Image Acquisition Software»,

включить сканер D-DiGit в сеть питания,

подсоединить сканер D-DiGit к ПК с помощью USB-кабеля,

запустить приложение «D-DiGit Image Acquisition Software» на компьютере

использовать управляющие кнопки в приложении (например, кнопка «Light» включает источник света сканера).

Приложение «Image Studio Lite Data Analysis Software»

Предназначено для анализа, аннотирования и архивирования изображений, полученных с помощью различных имиджинговых систем LI-COR. 

Данное ПО не является необходимым для работы сканера D-DiGit, однако рекомендуется производителем для адекватного и качественного анализа полученных изображений. 

Чтобы использовать приложение, достаточно запустить его и импортировать файлы изображений, полученные с помощью приложения «D-DiGit Image Acquisition Software». 

Фотографии гелей, полученные с помощью сканера гелей D-DiGit, также совместимы с приложением «Image Studio Data Analysis Software». 

Существует несколько версий ПО «Image Studio Data Analysis Software», среди которых можно найти варианты, совместимые с различными версиями ОС MS Windows и Mac: 

MS Windows: XP, Vista, Win7, Win 8, Win 8.1, Win 10;

Mac: 10.6, 10.7, 10.8, 10.9, 10.10, 10.11, 10.12.

Загрузка приложений

Для бесплатной загрузки приложений «D-DiGit Image Acquisition Software и «Image Studio Lite Data Analysis Software» необходимо: 

купить сканер ДНК-гелей D-DiGit;

заполнить регистрационную форму на специальной странице сайта LI-COR.

После выполнения этих действий на указанный пользователем адрес e-mail придёт письмо со ссылками для скачивания ПО «D-DiGit Image Acquisition Software и ПО «Image Studio Lite Data Analysis Software».

Комплект поставки:

cканер ДНК-гелей D-DiGit,

защитный экран, силовой кабель,

сетевой адаптер,

кабель USB 2.0,

руководство по запуску прибора «QuickStart guide» (на английском языке).

Характеристики: